Mathilde Fibigers betydning i dansk litteratur knytter sig fortrinsvis til brevromanen Clara Raphael, som både tematisk og formelt repræsenterede et nybrud. Den fremkaldte ved udgivelsen i december 1850 en langvarig offentlig debat med mere end 25 indlæg i aviser og tidsskrifter og 10 selvstændige flyveskrifter. Debatten drejede sig om den kritik af uligheden i de to køns samfundsmæssige stilling, som guvernanten Clara Raphael fremsætter i sine breve til en veninde. "Hvad Ret have Mændene til at undertrykke os? [...] har virkelig Vorherre skabt os af ringere Stof end Mændene", skriver Clara som oplæg til et program for "Damernes Emancipation" ( CR&M, 31, 28, 69).

Det kønspolitiske spørgsmål var ikke ganske nyt for den danske offentlighed. Den franske forfatterinde og feminist George Sand (1804-76) blev ofte omtalt i danske publikationer, Corsaren havde bragt satiriske artikler under overskriften "Kvindens Emancipation" (15.10.1841 og 18.2.1842), og J.L. Heiberg havde brugt motivet i lystspillet Valgerda, 1847, men det blev først rejst som et eksistentielt problem i Clara Raphael, hvor den kvindelige hovedpersons livshistorie bestemmes af, at hun vil frigøre sig fra det patriarkalske kønssystem. Romanen begynder, da Clara søger arbejde som guvernante, fordi vejen til ligestilling går over selvforsørgelse, og hendes breve til veninden handler om det nye kvindeliv, som dermed åbner sig for hende.

Genre og stil var også ny. Fibiger rejste sin feministiske diskussion i en guvernanteroman og indførte dermed den genre i dansk litteratur, som var bærende i 1800-tallets europæiske kvindelitteratur. Claras breve er desuden skrevet i et smukt, mundret sprog, som trods stedvis stor følelsesfylde skyr svulstighed og klicheer. Stilistisk var det en tilnærmelse til nogle af tidens betydeligste litterære værker, H.C. Andersens eventyr og romaner, Thomasine Gyllembourgs hverdagshistorier, J.L. Heibergs vaudeviller og hans netop udkomne Gadeviser, 1849, hvis heltinde ligeledes hedder Clara.

Clara Raphael blev diskuteret som et program for kvindeligt medborgerskab i tråd med de samtidige politiske omvæltninger fra enevælde til demokrati, men Fibigers ærinde var i lige så høj grad at udvikle et litterært sprog til beskrivelse af kvinders livssyn og erfaringer for dermed at styrke deres selvfølelse. Ved at tematisere den kvindelige livshistorie skrev hun sig ind i traditionen fra Thomasine Gyllembourg (1773-1856), men i modsætning til forgængeren forskød hun synsvinklen fra det patriarkalske centralperspektiv til den kvindelige udkantsposition. "Nu da jeg seer mig om i Verden [...] - tænk Dig min Skræk! - synes jeg at Alt omkring mig staaer paa Hovedet", skriver Clara ( CR&M, 33). Fibiger ønskede at stå fast på sin egen kvindelige opfattelse af tingene, om hun så skulle få hele verden imod sig, og hun skabte figuren Clara Raphael for at give denne opfattelse litterært udtryk.

Ud over at kræve del i de nye borgerlige rettigheder for kvinder videreførte Fibiger dermed den tidlige romantiks subjektive idealisme i en kvindelig form, ligesom romanen forbandt sig med de identitetskonflikter og den kritik af borgerskabet, som præger H.C. Andersens og Paludan-Müllers forfatterskaber i 1840'erne, og hun var inspireret af feminismen i fransk litteratur hos George Sand og i engelsk litteratur hos Charlotte Brontë (1816-55). Hendes næste romaner, En Skizze efter det virkelige Liv, 1853, og Minona, 1854, samlede sig klarere om det feministiske identitetsprojekt, hvilket imidlertid interesserede offentligheden mindre, hvorfor de kun fandt få læsere.